博物館旨在全面而系統地展現出禪宗歷史與禪宗文化。展出形式有文字、圖片、音像、實物等。展出內容大致分為：
第一展區：禪宗簡史
從「世尊拈花」至「一葦渡江」，至「一花五葉」，直到如今。從唐、宋、元、明、清、民國，直至當代。全景式簡明勾勒禪宗歷史軌跡。
第二展區：禪宗流派
主要敘述「五家七宗」，即為潙仰、曹洞、臨濟、法眼、雲門、黃龍、楊岐各宗派的形成及發展，及其宗風，繪製禪宗劉派法脈圖。
第三展區：禪宗人物
人物分兩大類。一為在禪宗發展史上頗具地位的高僧大德，一為對禪宗發展產生過重作用與影響的公卿文士。
第四展區：禪宗寺院
從歷史與現狀兩個方面介紹全國著名禪院。
第五展區：禪宗公案
「公案」，原係公衙文牘詞語，指案例。禪家常用此詞指規範的或典型的機緣語句、禪機施設。例舉禪家著名公案，旨在了解禪學之大端。
第六展區：禪宗典籍
提要式簡介禪宗重要歷史典籍，並陳列實物。
第七展區：禪宗文化
此展區旨在反應禪宗文化與中國傳統文化之交融契合，主要分為如下章節：
1. 禪宗文化與中國古典哲學：主要介紹禪學思想對宋明理學的滲入。
2. 禪宗文化與中國傳統文學：主要介紹禪學理趣與古代詩詞的交融。
3. 禪宗文化與中國古代藝術：主要介紹禪學意境對古代書畫的影響。
4. 禪宗文化與中國經濟生活：主要介紹「禪茶一味」對中國茶文化的貢獻。
第八展區：禪宗傳播
宗教是不同國度的文化往來之舟。在世界人文地理中，學者認為有一個「漢傳佛教文話圈」，東亞與東南亞一帶屬這一文化圈。本展區主要介紹中國禪宗在海外的傳播，以及以禪宗為主題的中外文化教流。其內容如下：
1. 中國禪宗傳播海外的重要人物
2. 中國禪宗傳播海外的著名寺院
3. 中國古代文人與海外禪僧交往
4. 海外禪僧「尋根問祖」
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